■

参考文献の参照番号を上付片括弧にしたいので，
http://staff.aist.go.jp/w.mizutani/gsperl.html
を参考にしてプリアンブルに
\usepackage{cite}
\makeatletter %引用スタイルの変更
\def\@cite#1{\textsuperscript{#1)}}
\makeatother
\makeatletter %参考文献リストの括弧を変更
\def\@cite#1{\textsuperscript{#1)}}
\renewcommand*{\@biblabel}[1]{#1)\hfill}%
\makeatother
と書いた．
cite.styが見つからないと怒られたので，
http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/cite/
からダウンロードして，
C:\tex\share\texmf\tex\latex\cite
に保存（フォルダ無かったので作った）したら怒られなくなった．

追記：章ごとに参考文献を出したい場合
http://www.biwako.shiga-u.ac.jp/sensei/kumazawa/tex/chapterbib.html
より，
chapterbib.styを使えばOK．でも，章ごとにbibファイルを用意しなければならないようだ（未確認）．